

Institutul are în subordinea sa urmatoarele Laboratoare Interjudeţe de Expertize Criminalistice:
- Laboratorul Interjudeţean de Expertize Criminalistice Bucureşti
- Laboratorul Interjudeţean de Expertize Criminalistice Braşov
- Laboratorul Interjudeţean de Expertize Criminalistice Cluj
- Laboratorul Interjudeţean de Expertize Criminalistice Craiova
- Laboratorul Interjudeţean de Expertize Criminalistice Iaşi
- Laboratorul Interjudeţean de Expertize Criminalistice Timişoara.
Laboratoarele interjudeţene de expertize criminalistice efectuează prima expertiză, potrivit competenţei lor materiale şi teritoriale, astfel :
- Laboratorul Interjudeţean de Expertize Criminalistice Bucureşti (judeţele Brăila, Buzău, Călăraşi, Constanţa, Dâmboviţa, Galaţi, Giurgiu, Ialomiţa, Ilfov, Prahova, Teleorman, Tulcea, Vrancea şi Municipiul Bucureşti);
- Laboratorul Interjudeţean de Expertize Criminalistice Braşov (judetele Argeş, Braşov, Covasna, Harghita, Mureş şi Vâlcea);
- Laboratorul Interjudeţean de Expertize Criminalistice Cluj (judetele Alba, Bistriţa-Năsăud, Cluj, Hunedoara, Maramureş, Sălaj şi Sibiu);
- Laboratorul Interjudeţean de Expertize Criminalistice Craiova (judeţele Dolj, Gorj, Mehedinţi şi Olt);
- Laboratorul Interjudeţean de Expertize Criminalistice Iaşi (judeţele Bacău, Botoşani, Iaşi, Neamţ, Suceava şi Vaslui);
- Laboratorul Interjudeţean de Expertize Criminalistice Timişoara (judeţele Arad, Bihor, Caraş Severin, Satu Mare şi Timiş).